Форум Поща Карта на сайта Търсене Връзки Контакти
Начало Обучение Избираеми дисциплини Oбщ списък на избираемите дисциплини и практикуми Въведение в Биоинформатиката    English
Факултет по математика и информатика - Въведение в Биоинформатиката

 Лектор  доц. д-р Антон Илиев
Анотация

    За задочно обучение – всички курсове и специалности.

Биоинформатиката е една бързо развиваща се дисциплина. Тя е приложение на изчислителни инструменти и технологии за манипулиране и анализ на биологични данни. В този курс ще покажем как компютрите и технологиите се използват за анализ на геноми.

Съдържание
  1. Писане на програми на Perl с ДНК и протеини. Програмите описват ДНК към РНК, свързани последователности, обратно допълнение на ДНК, четене на последователности от данни от файл и т.н.
  2. Основи на езика Perl с програми, които търсят ДНК мотиви или протеини, взаимодействат с потребителя чрез клавиатура, записват данни във файлове, използват цикли и условни тестове, използват регулярни изрази и работят върху низове и масиви.
  3. Подпрограми, които са важен начин за структуриране на програмите, и използването на дебъгер на Perl, който може да прегледа всеки детайл в стартирана програма на Perl.
  4. Генни мутации, основни за биологията са моделирани, като случайни събития използвайки генератор на случайни числа в Perl. Тук се използват случайни числа за генериране на данни за ДНК последователности и за повторно мутирала ДНК последователност. Цикли, подпрограми и лексикални похвати.
  5. Как да се конвертира ДНК към протеин, използвайки генетичен код. Сортирани и несортирани масиви, двоично търсене, релационни бази от данни и DBM. Как се управлява форматирана с FASTA последователност от данни?
  6. Представяне на регулярните изрази на Perl. Основният фокус е върху развитието на програма за пресмятане ограничителна карта за ДНК последователност.
  7.  The Genetic Sequence Data Bank (GenBank) е основата на съвременната биология и биоинформатика. Как да извличаме информация от файловете и библиотеките в GenBank.
  8. Как се парсва Protein Data Bank (PDB) файлове? Някои интересни Perl техники като търсене и итерация върху множество от файлове.
  9. Морфологичен разбор на BLAST външен файл. Засяга се и проекта Bioperl и неговия BLAST морфологичен анализатор и допълнителни начини да се форматира изхода в Perl.

 

Препоръчителна литература

J. Tisdall, Beginning Perl for Bioinformatics, O‘ Reilly, 2001

 

Актуално
Още новини
Архив на новините
© 2009 ФМИ